Dokładne kwoty ustalane są dla każdej inwestycji indywidualnie. Maksymalną stawkę czynszu w Społecznych Inicjatywach Mieszkaniowych reguluje ustawa. Kwestię czynszu reguluje art. 7c ustawy o finansowym wsparciu niektórych przedsięwzięć finansowych. Czynsz nie może przekraczać w skali roku 4% wartości odtworzeniowej lokalu, obliczonej zgodnie z art. 9 ust. 8 ustawy z dnia 21 czerwca 2001 r. o ochronie praw lokatorów, mieszkaniowym zasobie gminy i o zmianie Kodeksu cywilnego. Jeżeli wartość odtworzeniowa lokalu, będąca podstawą ustalenia stawki czynszu zgodnie z ust. 1-3, jest niższa niż koszt utworzenia albo modernizacji lokalu mieszkalnego, uwzględniający wartość nieruchomości, maksymalną stawkę czynszu, o której mowa w ust. 1-3, ustala się na podstawie kosztu utworzenia albo modernizacji lokalu mieszkalnego. Wynajmujący informuje najemcę o tych kosztach.
Prognozowana stawka czynszu zostanie ogłoszona wraz z uruchomieniem naboru najemców. Obowiązek opłacania czynszu rozpoczyna się z dniem przekazania najemcom kluczy do mieszkania.